В связи с пандемией COVID-19, согласно Приказа Председателя Совета РОО «ЗОТ» № 17-крв\1 от 17 февраля 2020 года, сотрудники РОО «ЗОТ» переведены на удалённый режим работы, сохраняющийся по настоящее время. Помимо перевода, в течение 2020-2022 годов в РОО «ЗОТ» исполнялись все требуемые государственными органами противоэпидемические мероприятия: прекращение уставных видов деятельности требующих очных встреч, разъяснение необходимости прививок от ковида, сбор данных о сделанных сотрудниками прививках против ковида, отстранение от работы сотрудников, отказавшихся от прививок, и сдача соответствующих отчётов в государственные органы. Предоставлялись ответы на запросы Штаба по мероприятиям по предотвращению завоза и распространения инфекции коронавирусной инфекции 2019-nCOV в г.Москве.